协会成立背景
以1972年的中日邦交正常化为契机，两国医学、医疗界人员的互访日趋频繁。为了应对这一情况，1978年，在日中友好协会内部成立了“医学学术交流小委员会”，以中华医学会为中方的窗口单位开始了交流。
1980年，“医学学术交流小委员会”从日中友好协会中分离出来，作为社团组织的日中医学协会开始开展有关工作。
为了满足以实现医疗现代化为目标的中方的需求，开展中日间的共同研究和人才培养等项目，集当时日本医学界、口腔学界、药学界、护理学界以及其他医疗相关组织的众愿，在经济团体联合会下属的医疗产业界的帮助下，“财团法人日中医学协会”作为兼具全国性、综合性功能的民间交流窗口，于1985年正式成立。
伴随公益法人制度的改革，2013年“财团法人日中医学协会”转型为“公益财团法人日中医学协会”。以2015年成立30周年为契机，协会正致力于开展符合时代需求的崭新的中日医疗交流项目。
成立周年时的纪念活动
| 举办年份 | 纪念活动 | 大会主题 |
|---|---|---|
| 1980年 | 日中医学协会成立 | |
| 1985年 | 财团法人日中医学协会成立 | |
| 1995年 | 成立10周年纪念大会 | 中日医学交流的过去、现在、将来 （陈敏章卫生部副部长演讲） |
| 2000年 | 成立15周年纪念大会 | 中西医结合的现状与展望 （彭玉卫生部副部长演讲） |
| 2005年 | 成立20周年纪念大会 | 中国传染病的预防与控制 （陈啸宏卫生部副部长演讲） |
| 2013年 | 纪念公益财团法人转型庆祝大会 | |
| 2015年 | 成立30周年纪念大会 | 日本医疗的国际化及日中医学协会在中国的作用 （中国国家卫生和计划生育委员会马晓伟副主任出席致辞） |