为了促进两国医学、医疗的发展以及提高两国医疗保健水平，每年举办学术会议、座谈会、演讲会等，让日本和中国的医疗相关领域的专家们通过面对面的形式直接交换学术信息。
日中医学交流会议
从1987年开始举办“日中医学交流会议”，以中日两国当今医疗领域存在的课题为主题，邀请中国卫生行政单位的领导或有代表性的领域的专家。
日中医学大会
为纪念中日邦交正常化20周年和30周年，由中华医学会与日本医学会、日本齿科医学会共同举办的“日中医学大会”分别在北京人民大会堂召开。本协会作为日方事务局承担了大会的运营工作。
以该大会为契机，当时尚未有往来的中日两国的学会团体间开始了相互交流，并且一直延续至今。
其他主办会议
为了促进中日两国专家之间的学术交流，协助日本政府推行医疗国际化项目的开展，在日本或中国举办学术交流会等。
举办学术会议年表
2018年
日中医学交流会议－中日邦交正常化45周年纪念活动
※中日邦交正常化45周年、中日和平友好条约缔结40周年认定活动
| 主题 | 生活习惯病：日中现状和对策……国家级别的对策 －糖尿病、动脉硬化症、痴呆症 |
|---|---|
| 讲者 | 门胁 孝 东京大学大学院医学系研究科糖尿病、代谢内科教授 郭 晓蕙 北京大学第一医院内分泌科教授 等8名 |
| 举办地 | 北京 |
| 参加人员 | 240名 |
2017年
第四届中日医学交流（消化领域）论坛
| 主题 | 为了实现安全实施ESD的训练方法及疑难病例的对策 |
|---|---|
| 讲者 | 周 平紅 复旦大学附属中山医院内镜中心主任 松本健史 順天堂大学医学部附属順天堂医院消化器内科准教授 坂本直人 順天堂大学医学部附属順天堂医院消化器内科先任准教授 |
| 举办地 | 东京 |
| 参加人员 | 20名 |
第四届中日医学交流（泌尿领域）论坛
| 主题 | 有关RALP的围手术期管理的教育与学术交流 |
|---|---|
| 讲者 | 堀江重郎 順天堂大学大学院医学研究科泌尿外科学教授 章 小平 华中科技大学同济医学院附属协和医院泌尿外科主任 |
| 举办地 | 东京 |
| 参加人员 | 19名 |
中日妇科良性疾病交流峰会
| 主题 | 子宫内膜异位症与子宫平滑肌瘤 |
|---|---|
| 讲者 | 百枝幹雄 圣路加国际医院副院长 冷金花 北京协和医院妇科教授 等6名 |
| 举办地 | 北京 |
| 参加人员 | 130名 |
2016年
日中医学交流会议－中日笹川医学奨学金项目30周年纪念演讲会
| 主题 | 中日两国医学医疗领域中的高端课题 |
|---|---|
| 讲者 | 魏 于全 中国科学院院士、四川大学副学长 冈野荣之 庆应义塾大学医学部长、生理学教授 |
| 举办地 | 东京 |
| 参加人员 | 440名 |
中日医学学术交流大会2016东京
| 主题 | 肿瘤诊断治疗与最新医疗技术 护理学与老年医学 传统医学与新药论坛 预防医学与健康教育 |
|---|---|
| 讲者 | 冉 玉平 四川大学华西医院皮肤科教授 矶滨洋一郎 東京理科大学药学系药学科教授 等16名 |
| 举办地 | 东京 |
| 参加人员 | 400名 |
第三届中日医学交流（消化）论坛
| 主题 | 消化性溃疡病 |
|---|---|
| 讲者 | 袁 耀宗 上海交通大学医学院附属瑞金医院主任医师 加藤元嗣 函馆医院院长 等4名 |
| 举办地 | 苏州 |
| 参加人员 | 120名 |
第三届中日医学交流（妇科）论坛
| 主题 | 子宫内膜异位症 |
|---|---|
| 讲者 | 周 应芳 北京大学第一医院教授 北肋 城 京都府立医科大学教授 等5名 |
| 举办地 | 大阪 |
| 参加人员 | 20名 |
中日子宫内膜异位症交流峰会
| 主题 | 子宫内膜异位症 |
|---|---|
| 讲者 | 姚 书忠 中山大学附属第一医院妇产科教授 奈须家荣 大分大学医学部妇产科教授 等5名 |
| 举办地 | 北京 |
| 参加人员 | 150名 |
2015年
日中医学交流会议－日中医学协会财团成立30周年纪念大会
| 主题 | 日本医疗的国际化及日中医学协会在中国的作用 |
|---|---|
| 讲者 | 谷口英树 横滨市立大学大学院医学研究科脏器再生医学教授 松村啓史 泰尔茂株式会社副社长执行董事 宋 冰 中国国家卫生和计划生育委员会能力建设和继续教育中心副主任 山下 护 日本国厚生劳动省社会保障担当参事官室政策企划官 |
| 举办地 | 东京 |
| 参加人员 | 250名 |
第二届中日医学交流论坛
| 主题 | 消化领域 内分泌领域 妇科领域 神经内外科领域 |
|---|---|
| 讲者 | 渡边 守 东京医科齿科大学消化内科教授 刘 丽萍 首都医科大学附属天坛医院主任医师 等16名 |
| 举办地 | 东京 |
| 参加人员 | 90名 |
2014年
留日人员经验交流会―与大阪大学国际医疗学术交流会联合举办（日本经济产业省委托项目）
| 主题 | 日本医疗的国际展开 |
|---|---|
| 讲者 | 泽 芳树 大阪大学医学部附属医院国际医疗中心主任 钱 水贤 上海留日同学会常务副会长 等5名 |
| 举办地 | 上海 |
| 参加人员 | 200名（企业65家） |
2013年
中日医疗器械审查交流会（日本经济产业省委托项目）
| 主题 | 中日医疗器械审查的现状与展望 |
|---|---|
| 讲者 | 王 兰明 中国国家食品药品监督管理总局司长 境 启满 日本国厚生劳动省医药食品局审查管理科企划调整技官 等4名 |
| 举办地 | 北京 |
| 参加人员 | 100名（企业27家） |
中日医疗工作者座谈、交流会（日本经济产业省委托项目）
| 主题 | 看护制度的现状与展望 中国医疗状况研讨会 |
|---|---|
| 讲者 | 西川昌登 日本国驻华大使馆经济部一等书记官 秦 坤 中国国家卫生和计划生育委员会体制改革司政策组副处长 |
| 举办地 | 北京 |
| 参加人员 | 130名（企业47家） |
2012年
日中医学交流会议－中日邦交正常化40周年纪念活动事
※2012“中日国民交流友好年”认定活动
| 主题 | 中国医药卫生改革的现状与展望 |
|---|---|
| 讲者 | 陈 啸宏 中国卫生部副部长 |
| 举办地 | 东京 |
| 参加人员 | 200名 |
2002年
日中医学大会2002－中日邦交正常化30周年纪念活动
| 宗旨 | 举办34个分科学术会 |
|---|---|
| 举办地 | 北京 |
| 参加人员 | 日方 1,000名 中方 1,000名 参加学会团体 74个 |
1992年
日中医学大会1992－中日邦交正常化20周年纪念活动
| 宗旨 | 举办34个分科学术会 |
|---|---|
| 举办地 | 北京 |
| 参加人员 | 日方 1,000名 中方 2,400名 参加学会团体 68个 |